สมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ บรรพชาเป็นสามเณรเมื่ออายุ 17 ปี เมื่อ พ.ศ. 2465 อุปสมบทเป็นพระภิกษุ เมื่อวันอาทิตย์ที่ 20 มิถุนายน พ.ศ. 2469 ณ พัทธสีมาวัดสามพระยา ตำบลวัดสามพระยา อำเภอพระนคร จังหวัพระนคร โดยมี พระธรรมดิลก (ขาว เขมโก) ครั้งยังดำรงสมณศักดิ์เป็น พระสุธรรมธีรคุณ เจ้าอาวาสวัดสามพระยา เป็นพระอุปัชฌาย์ พระครูปลัดผาด เป็นพระกรรมวาจาจารย์ และ พระมหาสละ เป็นพระอนุสาวนาจารย์